北交所交易佣金实行双边双向收取，监管规定上限为成交金额的千分之三，市场普遍默认费率在万分之三左右，同时设有单笔最低五元的收费底线，按照成交金额乘以约定佣金比例核算，计算出来金额不足五元时一律按五元收取，而且佣金还分为全佣和净佣两种模式，全佣已经包含交易所经手费等规费，净佣需要额外单独缴纳交易所相关费用，很多普通投资者网上自助开户拿到的都是默认万三全佣标准，如果主动联系券商客户经理沟通，资金体量较大或者交易较为频繁的投资者，可以申请下调到万分之二点五至万分之一点八区间。很多刚开通北交所权限的投资者很容易忽略双边收费这个关键点，买入股票会扣除一次佣金，卖出股票同样会再扣除一次，看似单次费率不高，频繁来回操作之后累积下来的成本会十分可观，用十万元资金按照万三全佣计算，买入需要缴纳三十元佣金，卖出同样缴纳三十元，一次完整买卖光佣金就要支出六十元，如果按照较早之前部分券商万六的默认标准，同等金额一次买卖佣金就会达到一百二十元，小额资金交易受到最低五元门槛影响更大，单笔一万元交易按照万三费率计算只有三元佣金，但依旧要按照五元标准扣费，来回一次就要十元佣金，对于短线交易者来说损耗会被进一步放大。
北交所内部的交易经手费是交易所固定收取的费用，费率为成交金额万分之一点二五，同样买卖双向收取，这笔费用无法和券商协商减免，如果选择净佣模式，投资者除了支付券商单独收取的佣金之外，还要自行承担这笔经手费，而市面上绝大多数低佣金账户都是全佣模式，券商把经手费包含在佣金报价里面，不用投资者单独付费，这也是大家调佣时一定要确认是全佣还是净佣的核心原因，一旦搞错很容易出现实际扣费比预期高出不少的情况。除了佣金之外，北交所还有过户费和印花税两类固定费用，过户费按照成交金额万分之零点一双向收取，买卖都会产生，印花税只在卖出环节收取，费率为万分之五，这两项费用都不属于券商佣金范畴，由登记机构和税务部门统一征收，券商仅仅代为扣款，任何人都无法申请降低或者免除，把所有费用整合之后就能算出完整的北交所交易成本，很多币圈转向北交所投资的用户习惯了虚拟货币极低的手续费，往往会忽视这几项叠加后的整体支出。
不同证券公司对于北交所佣金的定价差距明显，头部大型券商线上自助开户大多维持万三的默认水平，中小型券商为了吸引客户，默认费率会稍低一些，但如果不主动和工作人员沟通，几乎不会自动下调费率。已经开户完成的投资者也不用一直使用默认费率，可以提供自己账户内的资产规模、日常交易频次和每月成交总额，向券商客服申请重新核定佣金标准，一般账户资金达到五十万元以上，议价空间会明显变大，不仅北交所佣金可以大幅降低，沪深市场的交易费用也能同步调整。北交所佣金和沪深A股佣金很多券商是分开设置的，不要以为沪深账户调低了费率，北交所就会同步跟着下调，每次调整都要单独提出针对北交所交易的调佣申请，避免两边费率不一致带来不必要的支出。
小额资金参与北交所交易一定要留意五元最低佣金的限制，本身北交所个股波动幅度较大，短线交易本身风险就偏高，再加上频繁触发最低收费标准，会不断压缩实际盈利空间。相比之下，持有周期较长的价值投资方式，可以大幅减少佣金缴纳的次数，有效摊薄整体交易成本。不少币圈投资者跨界参与北交所市场时，习惯于快速快进快出的操作方式，很容易忽略佣金、印花税、过户费叠加带来的损耗，建议每次交易之前先简单核算一遍全部费用，确定收益空间能够覆盖各项交易成本之后再进行操作。平时可以在证券账户的交割单里面查看每一笔交易的扣费明细，里面会单独拆分出券商佣金、经手费、过户费等项目，方便核对实际费率是否和协商的标准一致，如果发现扣费异常可以及时联系券商核实更正。
长期高频参与北交所交易，选择合适的佣金标准会成为控制交易成本最重要的一环，不要盲目接受系统默认的开户费率，开户前提前对接专属客户经理，提前谈好全佣费率，是最节省成本的方式。很多人误以为所有券商费率都相差无几，但实际上万一点八和万三之间的差距，在大额频繁交易下日积月累会形成非常明显的差别。同时也要分清可调整的券商佣金和不可变动的交易所规费、税费，不要把固定费用当成佣金去和券商谈判，合理区分各项收费，结合自身资金情况和交易风格选定对应的佣金档位，才能在北交所市场里更好地控制不必要的开支。
