北交所普通散户线上直接开户的默认佣金大多在万分之三，资金体量较大、交易频次高的投资者，经过和券商协商后，佣金可以做到万分之1.8到万分之2.5区间，佣金实行双向收取，单笔交易佣金不足5元按5元收取，监管层面设置佣金上限为千分之三，各家券商不得超出这个最高标准。很多投资者容易把北交所佣金和沪深A股佣金混为一谈，两者的谈判空间存在明显差距，北交所交易所收取的经手费固定为万分之1.25双向征收，这笔属于硬性规费，无法被券商减免，也是造成北交所整体交易成本高于主板的核心原因，很多新手在算成本的时候，会忽略这笔固定规费，造成对实际手续费的误判。
区分全佣和净佣是看懂北交所佣金的关键，也是很多投资者踩坑的地方。全佣模式的报价，已经把交易所经手费纳入佣金费率里面，投资者不需要额外再缴纳规费；净佣模式的佣金只是券商自身收取的服务费，交易时还会额外叠加万分之1.25的经手费，即便净佣给到万1，叠加规费之后实际综合成本也会达到万2.25，不少币圈转战A股的短线交易者，只看表面佣金数字，没有分清全佣净佣，导致实际交易成本远超自己的心理预期，频繁交易之后手续费会持续侵蚀账户收益。已经开通老新三板权限的账户，北交所佣金会直接沿用新三板原有费率，老账户如果没有主动申请调整，有可能还是早期千分之1.5的旧标准，需要手动联系券商修改费率。
影响北交所佣金谈判结果的核心条件主要是账户资产规模与月度交易换手率。满足北交所准入门槛的50万只是开通权限的底线，想要拿到万2附近的优惠佣金，账户持续资产、每月成交金额都是券商的重要参考指标，资产几百万以上的高频交易者，议价空间会进一步放大。普通小资金散户，很难拿到接近成本线的佣金，不建议盲目追求极致极低佣金，部分宣传超低价佣金的渠道，后续会附带交易限制、理财产品捆绑等隐形条件。币圈过来的投资者习惯高频操作，北交所本身波动幅度偏大，再叠加相对更高的交易成本，短线频繁做T的损耗会被放大，制定交易策略时必须把手续费纳入盈亏测算当中。
除券商佣金之外，北交所还有其他固定交易费用，这些项目不属于佣金范畴，所有券商统一标准，没有协商下调的可能性。过户费按照成交金额万分之0.1双向收取，印花税只在卖出环节按成交金额万分之五征收，买入股票不用缴纳印花税。做交割单复盘的时候，可以把佣金、经手费、过户费、印花税分开统计，直观看到每一笔交易真实成本，部分券商APP不会把经手费单独展示，会直接合并计入佣金项，只看软件显示的佣金数字，无法分辨券商真实收取的服务费。对于北证50基金、北交所可转债，佣金规则又会出现变化，可转债经手费实行减半，实际交易成本会低于普通北交所股票，投资者参与不同品种，需要分开核对费率标准。
